一方、税制適格（無償）ストックオプションでは、
権利行使時の課税がなされず
株式売却時に譲渡所得として20%程度の課税
ですむのが一番大きなメリットです。

① 税制適格要件を満たすすために、
付与株式数に限界がある。

権利行使者の権利行使価額の合計額が年間1,200万円以下であるために、大量に付与することができない。また大口株主への付与もできないため、オーナー社長等への付与も難しい。

② 上場会社では、
株式報酬費用の費用計上が必要である。

ストックオプションの会計処理は、ストック・オプション会計基準（企業会計基準第8号「ストック・オプション等に関する会計基準」）に準拠することになりますが、税制適格（無償）ストックオプションの場合は発行会社が既に上場している場合には、株式報酬費用の計上が必要になります。